Matthias Maierhofer studierte Orgel-, Alte Musik und Kirchenmusik an den Hochschulen von Graz, Freiburg, Leipzig und an der Schola Cantorum in Basel. Zu seinen Lehrern gehörten u.a. Arvid Gast, Andrea Marcon, Kurt Neuhauser und Martin Schmeding.
2007 konnte Matthias Maierhofer mit dem Pachelbel-Wettbewerb von Nürnberg einen der renommiertesten internationalen Orgelwettbewerbe gewinnen. Außerdem war er Preisträger beim Internationalen Franz Schmidt-Orgelwettbewerb von Kitzbühel 2008, beim Internationalen Bachwettbewerb Arnstadt 2007, beim Internationalen Orgelconcours von Nijmegen 2006 sowie beim Internationalen Orgelwettbewerb »M.K.Ciurlionis« in Vilnius 2003. Eine rege Konzerttätigkeit führte ihn seither in viele wichtige Konzertorte und zu bedeutenden Festivals in Europa, den USA, Russland, Japan und Südkorea. Als Solist und auch als Continuospieler trat Matthias Maierhofer mit Ensembles wie dem Dresdner Kreuzchor, dem Thomanerchor Leipzig, der Staatskapelle Dresden und der Staatskapelle Halle auf. Am Freiburger Münster musiziert er wöchentlich mit den Domsingknaben, der Mädchenkantorei, der Domkapelle und dem Domchor. Er wirkte bei CD-Produktionen und Publikationen der Edition Helbling mit, es liegen Aufnahmen bei diversen Rundfunkanstalten und bei den Labels Ambitus, Ambiente und Spektral vor.
Von 2009 bis 2013 leitete Matthias Maierhofer eine Orgelklasse an der Hochschule für Musik und Theater »Felix Mendelssohn Bartholdy« in Leipzig. 2013 wurde Matthias Maierhofer als Nachfolger von Prof. Dr. Gerre Hancock auf die Professur für Orgel und Kirchenmusik an die University of Texas in Austin (USA) berufen. Dort wurde er 2015 aufgrund herausragender pädagogischer Leistungen zum Dean‘s Fellow ernannt und mit dem Ducloux Fellowship des College of Fine Arts ausgezeichnet. Von 2014 bis 2016 war Matthias Maierhofer zudem Organist der Redeemer Presbyterian Church in Austin, die mit der historischen Holbrook Orgel und der großen Orgel op. 46 von Charles Fisk zwei der wichtigen amerikanischen Instrumente aus der Sammlung der Harvard University beherbergt.
Seit 2016 ist Matthias Maierhofer Professor für Orgel an der Musikhochschule Freiburg und wirkt zudem als Domorganist am Münster Unserer Lieben Frau in Freiburg. Als künstlerischer Leiter der Freiburger Münsterorgelkonzerte verantwortet er eine der führenden internationalen Orgelkonzertreihen. Seine Lehrtätigkeit als Gastprofessor und Dozent bei internationalen Meisterkursen verbindet ihn mit der Orgelakademie Kitzbühel in Österreich und führte ihn in letzter Zeit u.a. an die Yale University (USA), die Korean National University of the Arts (Südkorea) und die Paderewski Akademie in Polen.
Studierende aus seiner Orgelklasse erhielten in den letzten Jahren über 50 nationale und internationale Auszeichnungen bei bedeutenden Wettbewerben, Stipendienprogrammen und Stiftungen u.a.: St. Albans International Organ Competition (GB), International Organ Competition in Miami (USA), Silbermann Wettbewerb Freiberg (Deutschland), Mendelssohn Wettbewerb Berlin (Deutschland), Internationaler Orgelwettbewerb »Orgel ohne Grenzen« Dudelange (Luxemburg), Daniel Herz Wettbewerb Brixen (Italien), Internationaler Orgelwettbewerb Korschenbroich (Deutschland), The London Organcompetition (GB), Maria Hofer Wettbewerb Kitzbühel (Österreich), Rheinberger Wettbewerb Vaduz (Liechtenstein), Faszination Orgel Wettbewerb Mannheim (Deutschland), Internationaler Lazlo Spezferatti Wettbewerb Verona (Italien), Prix International Boellmann-Gigout Strasbourg (Frankreich), International Suisse Organ Competition St. Maurice (Schweiz). Des weiteren wurden Studierende von Matthias Maierhofer mit dem Deutschlandstipendium, dem DAAD Stipendium, dem E.T.A. Hoffmann Stipendium, dem Albertus Magnus und Hildegardis Stipendium, dem Rosenberg Stipendium sowie dem Recruitment Fellowship der University of Texas ausgezeichnet und auch in die Förderprogramme der Cusanus Stiftung, der Bucerius-Stiftung, der Deutschen Stiftung Musikleben und der Studienstiftung des deutschen Volkes aufgenommen.
